先日、ホールディングカンパニーの申告書作成に携わりました。
普段あまり関わることがない会社形態なので新鮮だったのですが、
申告書作成においても他の会社にはあまりない特徴があります。
・配当金益金不算入＋所得税額控除で国税は大体還付になる
ホールディングカンパニーは、収入のほとんどが子会社からの配当であり、かつ100％子会社からの配当であれば、税金計算上、その金額を全額益金不算入にし所得を減らすことが出来ます。さらに、配当を受け取る際に20.42％の源泉徴収を受けていますので、他に大きな収入（経営指導料など）がなければ国税は大体還付になります。
・（外形標準課税対象の場合）総資産の50％超が子会社株式であれば資本割が安くなる
資本金が1億円超の場合、事業税で外形標準課税の対象となりますが、 子会社株式の帳簿価額が総資産の帳簿価額に占める割合が50％超である場合、資本金等の金額にその割合をかけた金額を課税標準から控除することができ、資本割の金額が安くなります。
詳細な計算方法は東京都のHPに記載がされていますので、実際に計算をされる際には参照してみてください。
https://www.tax.metro.tokyo.jp/kazei/info/gaikei-01.html#g3-4
あまり頻繁に触れるようなものではないと思うのですが、備忘ということでまとめてみました。